东北红豆杉在苗期的整个生长期内的病虫害有7种，即茎腐病、立枯病、白绢病、疫霉病、叶螨、蚜虫、介壳虫等。其中，以蚜虫、白绢病、茎腐病的危害最重。

在定植前用多菌灵溶液浸泡消毒，苗植入坑穴埋土踩实后，根际浇灌一水勺1000倍液“沃土安”等土壤农残降解剂，再灌透定根水。定植7-10天后，用97%“恶霉灵”3000倍液根际浇灌，消除土传病害，预防苗木立枯、根腐等根部病害。7-10天一次，连灌两次。 

东北红豆杉极少受病虫危害，因东北红豆杉含有的三尖杉宁碱和紫杉醇对舞毒蛾幼虫均具有拒食活性。这也部分解释了东北红豆杉不遭受昆虫危害的原因。